深海科学研究部下设深海生物学研究室、深海地质与地球化学研究室、深海地球物理与资源研究室、海洋环流观测与数值模拟研究室、深海极端环境模拟研究实验室、地外海洋系统研究室、海洋哺乳动物与海洋生物声学研究室和分析测试中心。主要关注深海地球科学领域与地外海洋领域相关的重大科学问题，开展国际深潜科学研究，破解深海/深渊生命、环境及地质演化之谜。同时，致力于推动海洋珍稀生物、海洋生态保护与海洋文化建设，发展深海原位地球化学探测、原位实验技术与极端环境模拟实验技术。通过深海科学研究与工程技术的有机结合，挑战海洋领域前沿科学问题。
主任：杜梦然
副主任：张维佳、陈传绪
主任助理：蔡珊雅
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